Susunan organisasi Direktorat Jenderal Pengembangan Ekonomi dan Pemberdayaan Masyarakat Transmigrasi terdiri atas:

• Sekretariat Direktorat Jenderal Pengembangan Ekonomi dan Pemberdayaan Masyarakat Transmigrasi;
• Direktorat Perencanaan Teknis Pengembangan Ekonomi dan Pemberdayaan Masyarakat Transmigrasi;
• Direktorat Pengembangan Kelembagaan Ekonomi Transmigrasi;
• Direktorat Pengembangan Produk Unggulan Transmigrasi;
• Direktorat Promosi dan Pemasaran Produk Unggulan Transmigrasi; dan
• Direktorat Pemberdayaan Masyarakat Transmigrasi.