Susunan organisasi Direktorat Jenderal Pembangunan dan Pengembangan Kawasan Transmigrasi terdiri atas:

• Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan dan Pengembangan Kawasan Transmigrasi;
• Direktorat Perencanaan Perwujudan Kawasan Transmigrasi;
• Direktorat Pembangunan Kawasan Transmigrasi;
• Direktorat Fasilitasi Penataan Persebaran Penduduk di Kawasan Transmigrasi;
• Direktorat Pengembangan Satuan Permukiman dan Pusat Satuan Kawasan Pengembangan; dan
• Direktorat Pengembangan Kawasan Transmigrasi.